A pesar de la existencia de manglares a lo largo de todos los estuarios costeros, cada zona es diferente y tiene sus propias características. Los manglares de El Morro han sido fuertemente influenciados por las aguas saladas del Océano Pacífico. Esta reserva está ubicada en el norte del Golfo de Guayaquil, cerca de la isla de Puna, donde comienza el canal (o actual) El Morro. Una de las principales razones de su declaración como área protegida es la existencia de una gran población de delfines que viven en el Canal El Morro y la colonia de aves fragatas de Isla Manglecito.