Esta área protegida lleva el nombre de los cerros Pacoche, ubicados en el promontorio San Lorenzo al sur de Manta, el punto más destacado de la provincia de Manabí. Estas pequeñas elevaciones no superan los 363 metros, pero la ubicación (en la zona de transición costera de ambientes secos y húmedos) genera condiciones ideales para proteger los bosques secos y ligeramente más húmedos denominados bosques de garua.

La reserva protege 5.045 hectáreas de ecosistemas terrestres y 8.500 hectáreas de ecosistemas costeros, una combinación ideal de tierra y mar. El área protegida limita con varias ciudades de la costa: San Lorenzo, Río Cañas, Las Piñas y Santa Rosa. En las zonas más influyentes se encuentran las localidades de Pile, Santa Marianita y Liquiqui en la costa, mientras que más hacia el interior se encuentran las localidades de El Aromo y Pacoche. Los sitios de La Solita y Agua Fría están ubicados en el área protegida.